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技術文章 / article
NIPT標準品-助力無創產前檢測
原載自：www.mr-eacltd.com[技術資料頻道] 2024-01-25 瀏覽次數：881
01
背景
無創產(chan) 前診斷技術（noninvasive prenatal testing，NIPT）主要是利用NGS方法檢測孕婦的外周血遊離DNA（遊離DNA指血漿中自然條件下已經片段化的DNA）檢測胎兒(er) 是否存在染色體(ti) 非整數倍異常。常見的染色體(ti) 疾病包括常染色體(ti) 非整倍體(ti) 異常、 性染色體(ti) 非整倍體(ti) 異常、 染色體(ti) 拷貝數變異等。少數染色體(ti) 畸變者能存活至出生，常造成機體(ti) 多發畸形、智力低下、生長發育遲緩和多係統功能障礙。目前, 產(chan) 前篩查及產(chan) 前診斷是避免致死致殘性染色體(ti) 疾病患兒(er) 出生的前提及主要措施。
常見的篩查方法
常見的篩查染色體(ti) 異常的方法有G顯帶，熒光原位雜交（FISH），DNA微陣列（CMA），NIPT，NIPT-Plus，CNV-seq等。
染色體(ti) 核型分析（G顯帶）一般用來檢測染色體(ti) 的數目和大結構異常，是檢測的金標準。FISH理論上可以檢測基因組中任何位置的信息，但是需要相應的探針。目前臨(lin) 床常用的就是13,18,21染色體(ti) 以及性染色體(ti) 的檢測試劑盒。NIPT和 NIPT- Plus是基於(yu) NGS方法的檢測手段，NIPT後續通過Z scores判斷染色體(ti) 是否異常。而單基因病無創產(chan) 前檢測是針對單基因遺傳(chuan) 病。DNA微陣列主要是檢測染色體(ti) 的微缺失和微重複，通過log R ratio判斷是否異常。
Table 1. 常見染色體(ti) 檢測方法的比較
科佰生物
在檢測的過程中，質控品和參考品是非常重要的。針對NIPT檢測，科佰推出染色體(ti) 非整倍數參考品和質控品，包含常染色體(ti) 和性染色體(ti) ，以及微缺失和微重複質控品和參考品，後期還將陸續推出嵌合體(ti) 的參考品。
部分產(chan) 品數據展示
Fig 1. Results of NGS with Trisomy 21 (47,XY,+21) Reference Standard and Trisomy 13 (47,XY,+13) Reference Standard.
NGS技術可對cfDNA進行測序，結合信息分析方法，通過Z scores評估胎兒(er) 染色體(ti) 非整倍性的風險率。當Z scores ＞3或者＜-3時，判定該染色體(ti) 異常。Z scores ＞3判定該染色體(ti) 存在重複，Z scores＜-3判定該染色體(ti) 存在缺失。
Fig 2. Results of ddPCR with Trisomy 21 (47,XY,+21) Reference Standard and Trisomy 13 (47,XY,+13) Reference Standard.
根據NGS結果確定異常染色體(ti) 後，依據人基因組序列設計相關(guan) 異常染色體(ti) 的引物和探針，ddPCR方法再次驗證，通過CNV值判斷染色體(ti) 情況（默認整條染色體(ti) 每間隔一段距離選擇一段擴增區域）。
Fig 3. Results of NGS with Prader-Willi syndrome (46,XY,del(15)(q11.2q13)) Reference Standard.
微缺失和微重複質控品和參考品通過NGS和CMA方法驗證。通過NGS可以確定15號染色體(ti) 發生缺失，CMA方法可以判斷樣本微缺失區域為(wei) 15q11.2q13。根據上述驗證方法明確缺失或重複區域後，根據缺失或者重複的區域設計引物和探針，進行ddPCR檢測，再次驗證樣本的異常情況。
所有樣本後期均通過酶切或超聲的方式模擬臨(lin) 床樣本，將DNA進行片段化處理後，通過ddPCR技術對參考品進行準確定標，準確檢測參考品中胎兒(er) 遊離DNA占比。將經過ddPCR檢測過的樣本混入無DNA的血漿中，更接近臨(lin) 床樣本。
科佰推出的NIPT係列參考品不僅(jin) 可以適用於(yu) 多種檢測方法，還可以用於(yu) 評價(jia) 高通量測序法判定的胎兒(er) 遊離DNA濃度是否準確。
