【新品上線】多重病原菌質控品

多重病原菌檢測是一種先進的診斷技術，它能夠同時檢測和識別多種病原體(ti) ，包括細菌、病毒、真菌和寄生蟲等。這種檢測方法在感染性疾病的診斷中發揮著至關(guan) 重要的作用，特別是在病原體(ti) 多樣且複雜的情況下，能夠快速準確地確定病原體(ti) ，從(cong) 而製定有效的治療方案。

病原宏基因組高通量測序技術（mNGS）作為(wei) 一種新型的基因水平檢測技術，無需預設、無需培養(yang) 、無偏好性，能夠全麵檢測標本中的所原體(ti) 遺傳(chuan) 物質（包括DNA和RNA），並進行高通量測序。基於(yu) 生物信息學算法，該技術可以與(yu) 病原數據庫進行比對分析，鑒定樣本中病原微生物的種類及功能信息，為(wei) 臨(lin) 床抗感染提供精準的病原學證據。

為(wei) 了規範病原宏基因組高通量測序技術在臨(lin) 床本地化檢測中的應用，中國藥師協會(hui) 、中華醫學會(hui) 細菌感染與(yu) 耐藥防治分會(hui) 、國家衛生健康委臨(lin) 床抗微生物藥物敏感性折點研究和標準製定專(zhuan) 家委員會(hui) 等機構，於(yu) 2024年1月在《中華預防醫學雜誌》聯合發表了《病原宏基因組高通量測序臨(lin) 床本地化檢測規範專(zhuan) 家共識》。該共識在實驗室符合國家相關(guan) 政策法規以及保證檢測方法性能可靠的前提下，對如何在本地開展mNGS檢測提出了具體(ti) 指導意見。

幹實驗的性能確認

當生物信息學分析流程建立後，需對其進行性能確認，可以通過三類數據集進行：（1）臨(lin) 床標本測序數據集：注釋充分、特征明確的臨(lin) 床標本測序數據（FASTQ或其他格式）；（2）計算機模擬測序數據：利用序列模擬軟件模擬生成測序數據集，要求既要具有與(yu) 真實測序數據質量相同/相似的技術參數（文庫片段長度分布、測序模式、測序錯誤類型及頻率、測序質量值、測序深度等），也要盡可能對臨(lin) 床標本的背景成分信息如宿主核酸、微生物和試劑背景核酸等進行模擬；（3）組合數據集：利用序列模擬軟件定量模擬一種或多種目標病原體(ti) 的測序數據，然後將模擬序列添加到目標病原體(ti) 陰性標本的真實測序數據中，形成接近臨(lin) 床標本的模擬數據集。利用上述數據開展性能確認，確定幹實驗流程的主要性能指標，包括準確率、精確率、召回率和 F1-Score（即精確度和召回率的調和平均值）等。如果在比對過程中出現寄生蟲的假陽性結果（寄生蟲為(wei) 真核生物，與(yu) 宿主序列相似度較高，且部分寄生蟲基因組數據中存在人源序列的汙染），需要考慮設置更高的陽性匯報閾值或者對相應寄生蟲的基因組數據進行清洗。常見的寄生蟲匯報閾值為(wei) 與(yu) 陰性對照相比RPM 達到 10 倍以上，基因組數據清洗常采用把目標寄生蟲基因組單獨與(yu) 人基因組比對並去除高度同源的序列。

全流程的性能確認

確認 mNGS 濕實驗和幹實驗全流程對病原體(ti) 的檢測能力是否能夠達到臨(lin) 床預期用途。在全流程性能確認中至少應包括革蘭(lan) 陽性菌、革蘭(lan) 陰性菌、分枝杆菌、絲(si) 狀真菌、酵母菌、DNA 病毒、RNA病毒、寄生蟲，同時應關(guan) 注胞內(nei) 菌和難破壁的病原微生物。

性能確認參數可參考《分子診斷檢驗程序性能驗證指南》、《臨(lin) 床微生物培養(yang) 、鑒定和藥敏檢測係統的性能驗證》、《病原宏基因組高通量測序性能確認方案》等，建議實驗室 mNGS 檢測係統應對方法符合率、交叉反應、精密度、準確度、檢出限、抗幹擾能力（如針對高人源標本）、穩定性等性能參數進行確認。

樣品盤的製備

樣品盤要包含模擬參考品和已知病原檢測結果的真實臨(lin) 床標本。樣品盤的設置應嚴(yan) 格遵循臨(lin) 床預期用途所涉及的標本類型，所含微生物應有代表性，盡可能覆蓋預期用途中的病原體(ti) 。標準微生物菌株可以選用ATCC或CMCC菌株等。應根據不同標本類型來合理地設置模擬參考品中的人源細胞濃度（如支氣管肺泡灌洗液的人源細胞濃度中位數為(wei) 10⁵cells/ml）。模擬參考品中應至少包含革蘭(lan) 陽性菌、革蘭(lan) 陰性菌、絲(si) 狀真菌、酵母菌、分枝杆菌、DNA 病毒、RNA 病毒、寄生蟲共 8 類病原微生物。在製備模擬參考品前，針對所有待投入微生物進行檢出限（limit of detection， LoD）研究並確認是否能滿足預期用途中對檢測性能的要求。

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